قال الذهبي (المعاصر) صاحب (التفسير والمفسرون) في الفصل الذي عقده بعنوان: (الذين فسروا القرآن بلون إلحادي): (ووجدنا غير هؤلاء رجلا نكس على رأسه فطوعت له نفسه أن يخوض في تفسير كتاب الله على ما به من غواية وعماية، وأخيرا طلع على الناس بكتاب مختصر في تفسير القرآن الكريم، جمع فيه الكثير من وساوسه وأوهامه، ثم سول له الغرور أن يسميه (الهداية والعرفان في تفسير القرآن بالقرآن). أحدث هذا التفسير ضجة كبرى في المحيط العلمي، وقام رجال الأزهر وقعدوا من أجله، ثم ألفت لجنة من بعض العلماء لتنظر في هذا الكتاب، ولتحكم عليه بما ترى، ورفعت اللجنة تقريرها لشيخ الأزهر فحكم عليه بأنه (أفاك خراص، اشتهى أن يعرف فلم ير وسيلة أهون عليه وأوفى بغرضه من الإلحاد في الدين بتحريف كلام الله عن مواضعه، ليستفز الكثير من الناس إلى الحديث في شأنه وترديد سيرته) ثم صودر الكتاب واختفى عن أعين الناس، (فأما الزبد فيذهب جفاء وأما ما ينفع الناس فيمكث في الأرض). قال: قرأت تقرير اللجنة الأزهرية، ولكنني أردت أن أطلع على الكتاب نفسه، فعملت ما أستطيع حتى استصدرت تصريحا من دار الكتب المصرية بالاطلاع على هذا الكتاب الذي منع من التداول بين الناس. فمن مواضيعه حملته على المفسرين في المقدمة...ويظهر أن المؤلف ركب رأسه فراح يهدم سنة رسول الله ولا يعترف بما لها من مكانة في تفسير القرآن. وأنكر المعجزات حتى ما ورد منها في القرآن، وزعم أن الإسراء هو الهجرة... قال هاملتون جيب في كتابه (تجديد الإسلام) ص71، نقلا عن (الإسلام) لجيفري: (في عام 1930 نشر محمد أبو زيد طبعة عن القرآن مع شروح توجه النقد للشروح القديمة وتفسر الاستشهادات الواردة فيه بشكل محرف، وقد صادر البوليس الكتاب، وصدر قانون يحرم على صاحبه التبشير أو الوعظ أو عقد الاجتماعات الدينية. وقد نشر تقرير اللجنة الأزهرية التي شجب الكتاب في مجلة (نور الإسلام) (مج 2/ 163 ـ 205 و 249 ـ 281). ومن آثار أبو زيد هذا (كتاب الطلاق والزواج المدني في القرآن) ألمح فيه إلى معتقداته في القرآن وعلومه، وأثار فيه مواضيع قرآنية خطيرة، وعالج بكل ثقة موضوع التسري والأسرى وزواج الكتابية بالمسلم) (التفسير والمفسرون: طبعة دار الكتب الحديثة: ج 2/ 532 -547)